John Goossens doorliep de jeugdopleiding van Ajax en werd in 2007 bij de A-selectie van de Amsterdammers gehaald. Toch kwam het niet tot een doorbraak. Na een sterk seizoen in Jong Ajax trok N.E.C. de jeugdinternational in de winterstop van het seizoen 2008-2009 aan. Hij tekende een contract tot medio 2012. Op 4 februari 2009 maakte hij in de uitwedstrijd tegen FC Groningen als invaller zijn debuut in de eredivisie. In de wedstrijd tegen FC Twente liet hij met een fantastische goal zijn traptechniek zien. Dit deed hij in ’09-’10 ook thuis tegen ADO Den Haag en die goal werd landelijk tot mooiste goal van de Eredivisie gekroond. Goossens zette de goede lijn voort in het seizoen 2010-2011 toen hij 31 wedstrijden in actie kwam, 7 goals maakte en 6 assists had.