2000

Periode 2000-2010

In een volledig vernieuwde Goffert startte N.E.C. aan de twintigste eeuw. In het seizoen 1999/2000 bereikte N.E.C. opnieuw de bekerfinale, maar ook deze ging verloren. Roda JC was met 2-0 te sterk. Toch sleepte de club wel een prijs in de wacht. N.E.C. werd dat seizoen uitgeroepen tot club van het jaar. In het seizoen 2002/2003 wist N.E.C. onder leiding van trainer Johan Neeskens de beste eindklassering uit de clubgeschiedenis te bewerkstelligen: Op de laatste speeldag, in ongeveer de allerlaatste seconde van de uitwedstrijd tegen RKC Waarlijk, was Jarda Simr de man die N.E.C. naar de overwinning en daarmee de vijfde plaats in de Eredivisie schoot. Door deze vijfde plaats mocht N.E.C. in het daaropvolgende seizoen deelnemen aan de UEFA Cup, maar de Nijmegenaren sneuvelden al in de eerste ronde tegen Wisla Krakau.

Vijf jaar later kreeg N.E.C. de gelegenheid voor een herkansing in Europa. Na een dramatische eerste seizoenshelft volgde na de winterstop een heuse wederopstanding in de Goffert, waardoor N.E.C. als achtste eindigde. In de play-offs die volgden waren de Nijmegenaren heer en meester, waarna ook nog Dinamo Boekarest werd uitgeschakeld in de voorrondes. Sterker nog, onder leiding van oefenmeester Mario Been wist N.E.C. vervolgens te overleven in een poulefase met Udinese, Tottenham Hotspur, Dinamo Zagreb en Spartak Moskou. In de knock-out fase die volgde werd N.E.C. gekoppeld aan HSV, maar ondanks de enorme steun voor N.E.C. bleken de Duitsers een maatje te groot.